Bizans döneminde mevcut olduğu 1693 tarihli fermandan anlaşılan bu sinagog Yanbol (Niğbolu) kasabasından göç ederek Balat’a yerleşen Yahudiler tarafından kurulmuş ve adını anılan yöreden almıştır.

Avlusunda Bizans dönemi binaları bulunan Yanbol Sinagogu kâgir olup tavanı yağlıboya doğa resimleri ile tezyin edilmiştir. Seyyah ifadelerinden ve kitabelerden ana binanın, bir yangın felaketini takiben 17. veya 18. yüzyılda yeniden inşa edildiği, 1709, 1865 ve 1895 yıllarında esaslı onarımlar yaşadığı anlaşılmaktadır.

Sedef kakmalı ahşap kapılı Ehal’e (Tevrat rulolarının saklandığı dolap) yaldız boyalı bir parmaklıktan geçip iki basamak çıkarak varılır. Azara (sinagoglarda kadınlar bölümü), tavana çakılı ahşap desteklerce taşınır.

Yanbol Sinagogu 9 Haziran 1989 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan 16 Eylül 1987 tarihli kararla, Korunması Gereken Kültür Varlıkları Listesi’ne 64 Sıra No. ile dâhil edilmiştir.